Michael Bauer ist Vorstand der Humanistischen Vereinigung, einer bundesweit aktiven öffentlich-rechtlichen Körperschaft. Neben seinem Hauptamt übt er verschiedene leitende Nebentätigkeiten im humanistischen Kontext aus und engagiert sich ehrenamtlich als Mentor in der Studienförderung der Friedrich-Ebert-Stiftung sowie als Mitglied in Auswahlausschüssen der Studienstiftung des Deutschen Volkes und des Humanistischen Studienwerks Robert Blum. Bis Dezember 2022 war er Präsident der European Humanist Federation mit Sitz in Brüssel.

Der Humanistische Vereinigung zählt ca. 2.500 Mitglieder und beschäftigt rund 350 hauptamtliche Mitarbeiter*innen. Sie unterhält Geschäftsstellen in Berlin, Dresden, Hamburg, Hannover, Oldenburg und München. Die Hauptgeschäftsstelle der HV befindet sich in Nürnberg. Die Tätigkeitsschwerpunkte der Organisation liegen in der humanistischen Weltanschauungspflege, der Begleitung von Menschen in ihrem Lebensweg (Namensfeiern, Jugendfeiern, Trauungen, Bestattungsreden) sowie im sozialen und Bildungsbereich. Die HV betreibt derzeit 21 Kindertagesstätten. 2008 eröffnete sie mit der Humanistischen Grundschule Fürth die erste humanistische "Bekenntnisschule" in Deutschland, 2020 in Oldenburg die weltweit erste humanistische Sozialstation für internationale Seeleute. Sie engagiert sich mit ihrem Humanistischen Studienwerk Robert Blum in der Begabtenförderung, und sie unterstützt mit ihrer Humanistischen Hilfe Entwicklungsprojekte im globalen Süden. Mit ihrer philoscience gGmbH ist die HV in der Wissenschaftsvermittlung tätig und betreibt u.a. in einem mittelalterlichen Nürnberger Stadtmauerturm das Hands-On-Museum zur Wahrnehmungspsychologie Turm der Sinne, das jährlich ca. 25.000 Besucher*nnen zählt, und das Disgusting Food Museum Berlin im Zentrum der Bundeshauptstadt.

Michael Bauer ist Co-Autor des Elternratgebers „Erziehen ohne Religion“ (2013) und des Berichts „Gläserne Wände“ über die Diskriminierung nicht-religiöser Menschen in Deutschland (2016, 2. Auflage 2019). Der Bericht wurde bisher rund 5.000 Mal als Buch verkauft und über 40.000 Mal als E-Book heruntergeladen. Weiterhin hat er verschiedene Tagungsbände herausgegeben, so z.B. „Neue Welten. Star Trek als humanistische Utopie", "Was treibt uns an? Motivation und Frustration aus Sicht der Hirnforschung“ oder "Bessere Menschen? Technische und ethische Fragen in der transhumanistischen Zukunft". Aufsätze zu religions- und weltanschauungspolitischen Themen von ihm sind z.B. in dem Band "Religionspolitik heute" des Exzellenzclusters Religion und Politik der Universität Münster und dem Sammelband "Religion, Konfessionslosigkeit und Atheismus" der Münchener Eugen-Biser-Stiftung erschienen. Für Publikationen benutzt er seit 2016 den Autorennamen Michael C. Bauer.

Er trat verschiedentlich als Interviewpartner im öffentlich-rechtlichen Fernsehen (z.B. kulturzeit 3sat, Tagesschau ARD) und im Hörfunk (z.B. Deutschlandfunk, NDR, SWR, Bayerischer Rundfunk) auf, sowie im privaten Rundfunk.

Als Vortragender oder Podiumsdiskutant ist er regelmäßig zu Gast auf Veranstaltungen zu humanistischen, ethischen und religionspolitischen Themen, so z.B. bei politischen Stiftungen, auf evangelischen Kirchentagen und Katholikentagen oder im universitären Bereich. Verschiedentlich war er zu Anhörungen und auf Experten-Panels im bayerischen Landtag, im Bundestag, beim Bundesverfassungsgericht, dem Europäischen Parlament sowie der EU-Kommission eingeladen. Er ist Mitglied der "Experteninitiative Religionspolitik" der Konrad-Adenauer-Stiftung.

2010 war er Gründungsmitglied der Gruppe „LaizistInnen in der SPD“, deren Co-Bundessprecher er bis 2014 war. Seit 2014 betrieb er als einer der Initiatoren die Anerkennung eines bundesweiten Arbeitskreises „HumanistInnen in der SPD“ durch den Parteivorstand. 2022 war er Mitglied des vom Bundesvorstand des SPD berufenen Initiativkreises zur am 12.10.2022 erfolgten Gründung des "Arbeitskreises Säkularität und Humanismus (AKSH)" der SPD.

Michael Bauer wurde 1967 in Lauf an der Pegnitz geboren. Er studierte Musikwissenschaft, Politikwissenschaft und Soziologie an der Universität Erlangen-Nürnberg und der Musikhochschule Frankfurt am Main. Er hält die akademischen Grade Magister Artium und Diplom-Politologe. In Politikwissenschaft und Soziologie hatte er universitäre Lehraufträge, bevor er für die Humanistische Vereinigung tätig wurde.